实验步骤分为 3’ 和 5’ 两部分
一、3’RACE1. 反转录生成 cDNA 模板
(1)配制反转录混合液:以 20uL 反转录终体系为例,将各组分混合于离心管内,使各组分终浓度如下(冰上操作):1x 反转录缓冲液,1.3mM dNTP 溶液,12.9 mM DTT,50ng QT 引物,10 U RNA 酶抑制剂;
(2)新取一离心管,加入 1ug Poly(A)RNA 或 5ug 总 RNA,加 ddH2O 补足至11.25uL,80°C 加热 3min 后,立即置于冰上迅速冷却,10000g 4°C 离心 5 sec;
(3)将第(2)步处理后的 RNA 加入到第(1)步配制的反转录混合液中使总体积为 20uL,加入 200 U SuperScript II 逆转录酶,在室温(22-25°C)下混合后静置 5 min,然后42°C 加热 1 h,50°C 加热 10 min;而后 70°C 加热 15min 终止反应,离心机最高速室温瞬离 5 sec;
(4)加入 1.5 U RNA 酶 H 后 37°C 孵育 20 min 以降解 RNA 模板;
(5)加入 Tris-EDTA 溶液将反应混合物稀释至 1mL 得到 cDNA 模板溶液,保存于 4°C,禁止冻融。
2. 第一条 cDNA 链的合成
(1)将各组分混合于 0.2mL PCR 离心管内,使各组分终浓度如下(冰上操作):1x Hercules 热启动聚合酶缓冲液,200uM dNTP 溶液,0.05 U Hercules 热启动聚合酶,加ddH2O 补足至 50uL;
(2)加入 1uL cDNA 模板溶液以及引物 GSP1 和 Q0 各 25pmol,混合均匀,并同时设立一个仅不含 cDNA 模板的阴性对照反应管,以确定阳性信号来源于 cDNA;
(3)放入 PCR 仪,98°C 5 min 变性, GSP1 的 Tm 值温度 2min,72°C 40 min 延伸;
(4)进行循环:94°C 10 sec,GSP1 的 Tm 值温度 10 sec,72°C 3 min,循环 30 次,其中最后一循环 72°C 15 min,结束后冷却至室温,得到第一条 cDNA 链产物溶液。
3.第二条 cDNA 链的合成
(1)将第一条 cDNA 链产物溶液用 Tris-EDTA 溶液稀释 20 倍;
(2)将各组分混合于 0.2mL PCR 离心管内,使各组分终浓度如下(冰上操作):1x Hercules 热启动聚合酶缓冲液,200uM dNTP溶液,0.05 U Hercules 热启动聚合酶,加ddH2O 补足至 50uL;
(3)取 1uL 稀释后的第一条 cDNA 链产物溶液,加入引物 GSP2 和 Q1 各 25pmol,混合均匀,并同时设立一个仅不含 cDNA 模板的阴性对照反应管;
(4)放入 PCR 仪,98°C 5 min 变性;
(5)进行循环:94°C 10 sec,GSP2 的 Tm 值温度 10 sec,72°C 3 min,循环 30 次,其中最后一循环 72°C 15 min,结束后冷却至室温,得到第二条 cDNA 链产物溶液。
4.产物分析
使用凝胶电泳分析最终的PCR产物,对cDNA鉴定可通过杂交或测序。
二、5’RACE
1. 反转录生成 cDNA 模板
(1)配制反转录混合液:以 20uL 反转录终体系为例,将各组分混合于离心管内,使各组分终浓度如下(冰上操作):1x 反转录缓冲液,1.43mM dNTP 溶液,2.88mM DTT;
(2)新取一离心管,加入 50ng GSP-RT 引物,1ug Poly(A)RNA 或 5ug 总 RNA,加ddH2O 补足至 12uL,80°C 加热 3min 后,立即置于冰上迅速冷却,10000g 室温离心 5 sec;
(3)将第(2)步处理后的RNA加入到第(1)步配制的反转录混合液中共 20uL,加入 200 U SuperScript II 逆转录酶,轻柔混合后 42°C 加热 1 h,50°C 加热 10 min;而后 70°C 加热 15min 终止反应,离心机最高速室温瞬离 5 sec;
(4)加入 1.5 U RNA 酶 H 后 37°C 孵育 20 min 以降解 RNA 模板;
(5)加入 Tris-EDTA 溶液将反应混合物稀释至 400uL 得到 5’ 端无尾 cDNA 溶液,保存于4°C,禁止冻融。
2. 第一链 cDNA 的 Poly(A)加尾
(1)使用 QIAquick 过滤器产品说明书或其他等效产品除去5’端无尾 cDNA 溶液中多余的引物,最终体积不应超过 15uL,不足的用 ddH2O 补足至 15uL,
(2)加入 4uL 加入 5x 末端转移缓冲液4 uL, CoCl2 1.2 uL,dATP 4 uL, Tdt 10 U。同时设置一个用等量蒸馏水替代 Tdt 的阴性对照反应管;
(3)放入 PCR仪,37°C 5 min,65°C 5min,再用 Tris-EDTA 溶液稀释至 500uL,得到5’端 cDNA 溶液,保存于 4°C;
3. 第一条 cDNA 链的合成
(1)将各组分混合于 0.2mL PCR 离心管内,使各组分终浓度如下(冰上操作):1x Hercules 热启动聚合酶缓冲液,200uM dNTP 溶液,0.05 U Hercules 热启动聚合酶,加ddH2O 补足至 50uL;
(2)加入1uL 5’ 端 cDNA 溶液以及引物 GSP1、Q0和 QT各25pmol,混合均匀,并同时设立一个仅不含 cDNA 的阴性对照反应管,以确定阳性信号来源于cDNA;
(3)放入 PCR仪,98°C 5 min 变性,冷却至 48°C 保温 2min,72°C 40 min 延伸;
(4)进行循环:94°C 10 sec,GSP1 的 Tm 值温度 10 sec,72°C 3 min,循环 30 次,其中最后一循环 72°C 15 min,结束后冷却至室温,得到第一条 cDNA 链产物溶液
4.第二条 cDNA 链的合成
(1)将第一条 cDNA 链产物溶液用 Tris-EDTA 溶液稀释 20 倍;
(2)将各组分混合于 0.2mL PCR 离心管内,使各组分终浓度如下(冰上操作):1x Hercules 热启动聚合酶缓冲液,200uM dNTP溶液,0.05 U Hercules 热启动聚合酶,加ddH2O 补足至 50uL;
(3)取 1uL 稀释后的第一条 cDNA 链产物溶液,加入引物 GSP2 和 QI 各 25pmol,混合均匀,并同时设立一个仅不含 cDNA 模板的阴性对照反应管;
(4)放入 PCR 仪,98°C 5 min 变性;
(5)进行循环:94°C 10 sec,GSP2 的 Tm 值温度10 sec,72°C 3 min,循环 30 次,其中最后一循环 72°C 15 min,结束后冷却至室温,得到第二条 cDNA 链产物溶液。
5.产物分析使用凝胶电泳分析最终的 PCR 产物,对 cDNA 鉴定可通过杂交或测序。